Institut Tun Perak (ITP) Melaka mempunyai empat unit utama: Unit Kewangan & Pentadbiran, Unit Data Raya, Unit Penyelidikan dan Penerbitan, serta Unit Program. Keempat-empat unit ini diterajui oleh seorang Ketua Pegawai Eksekutif bagi memastikan kelancaran operasi dan mencapai objektif institut.
Berikut adalah carta organisasi ITP Melaka:
